Çinko parmak

Bir α sarmal ve bir anti-paralel β yapraktan oluşan Cys2His2 çinko parmak motifi. Çinko iyonu (yeşil) iki histidin ve iki sistein tarafından koordine edilir.

DNA (turuncu) ile kompleks halinde üç çinko parmak içeren Zif268 proteini (mavi). Koordine edici amino asit kalıntıları ve çinko iyonları (yeşil) vurgulanmıştır.

Çinko parmak, ait olduğu proteindeki katlanmayı stabilize etmek için bir veya daha fazla çinko iyonunun (Zn²⁺) koordinasyonu ile karakterize edilen küçük bir protein yapısal motifidir. Genellikle çok domainli proteinlerde metal bağlayıcı bir alan olarak görülür.

Çinko parmakları içeren proteinler (çinko parmak proteinleri) birkaç farklı yapısal familyada sınıflandırılır. Yunan anahtarları veya β saç tokaları gibi açıkça tanımlanmış diğer ikincil yapıların aksine, her biri benzersiz bir üç boyutlu mimariye sahip bir dizi çinko parmak türü vardır. Belirli bir çinko parmak proteininin sınıfı bu üç boyutlu yapı tarafından belirlenir, ancak proteinin birincil yapısına veya çinko iyonunu koordine eden ligandların kimliğine dayanarak da tanınabilir. Bununla birlikte, bu proteinlerin büyük çeşitliliğine rağmen, büyük çoğunluk tipik olarak DNA, RNA, proteinler veya diğer küçük, faydalı molekülleri bağlayan etkileşim modülleri olarak işlev görür ve yapıdaki varyasyonlar öncelikle belirli bir proteinin bağlanma spesifitesini değiştirmeye yarar.

Orijinal keşifleri ve yapılarının aydınlatılmasından bu yana, bu etkileşim modülleri biyolojik dünyada her yerde bulunduğu ve insan genomunun genlerinin % 3'ünde yer aldığı kanıtlandı. Ek olarak, çinko parmaklar çeşitli terapötik ve araştırma kapasitelerinde son derece yararlı hale gelmiştir. Çinko parmakların belirli bir sekans için afiniteye sahip olmasını sağlamak aktif bir araştırma alanıdır ve çinko parmak nükleazları ve çinko parmak transkripsiyon faktörleri, bugüne kadar gerçekleştirilmiş en önemli çinko parmak uygulamalarından ikisidir.

Dış bağlantılar

• C2H2 family15 Şubat 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. at PlantTFDB: Plant Transcription Factor Database22 Nisan 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
• "Protein of the Month: Zinc Fingers". European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). 5 Eylül 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2008. 
• "Molecule of the Month: Zinc Fingers". Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). 31 Mayıs 2008 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2008. 
• The double helix between the zinc finger5 Mayıs 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
• Zinc Finger Tools design and information site
• Human KZNF Gene Catalog
• Zinc finger C2H2-type domain13 Nisan 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. in PROSITE
• Entry for zinc finger class C2H2 in the SMART database5 Mayıs 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
• The Zinc Finger Consortium14 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
• ZiFiT- Zinc Finger Design Tool
• Zinc Finger Consortium Materials from Addgene5 Eylül 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
• Predicting DNA-binding Specificities for C2H2 Zinc Finger Proteins15 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.