Warkany sendromu, 2 fenotipi olan bir sendromdur. Fenotip 1 X-kromozomu aracılığıyla aktarılır. Fenotip 2’de ise kromozom 8 anomalisi nedeniyle spontan olarak ortaya çıkan izole olgulardır.
Hastalarda genel bir gelişme geriliği vardır. Kafatası deformasyonları arasında en belirgin olanları mikrosefali, alın bombesi yüksekliği ve hipertelorizmdir. Strabismus ve korneada saptanan opak lekeler önemli göz bulgularıdır. Yüz uzundur ancak orta bölümü gelişememiştir (hipoplazi); bu nedenle üstçene küçüktür ve geridedir (mikroretrognati). Damak çukurdur ve yarıktır. Alt dudak kalındır.
Hastadan hastaya farklılaşan kardiyovasküler ve üriner-genital anomaliler vardır. İç organların karın ve göğüs boşluğundaki dağılımı düzensiz olabilir (situs ambiguous). Gövde uzun ve silindir biçimindedir; toraks ve pelvis dardır. Patella oluşmamıştır ya da küçüktür. Kaburgalar kalındır ve sayısı fazladır. Vertebralar kelebek biçimindedir; spina bifida ve skolyoz saptanır. Avuçlardaki ve tabanlardaki çizgiler derindir. Kan incelemelerinde, alyuvarların iri olduğu (makrositoz) görülebilir.
Beyin anomalileriner bağlı epilepsi ve zeka geriliği görülür. Wilms tümörü, rabdomyosarkoma, lösemi gibi tümörler için risk yüksektir.