Stuart Alan Kauffman (d. 28 Eylül 1939), Amerikalı teorik biyolog ve Dünya'da yaşamın kökeni ile ilgilenen karmaşık sistemler araştırmacısı. Kendisi en çok biyolojik sistemlerin ve organizmaların karmaşıklığının daha çok kendi kendine organizasyondan ve daha az Darwinci doğal seçimin denge dinamiklerinden kaynaklanabileceğini tartışmasıyla tanınmaktadır.
Kauffman günümüzde Calgary Üniversitesi'nde Biyolojik Bilimler, Fizik ve Astronomi dallarında öğretim üyesi ve Felsefe Bölümünde yardımcı profesördür. Aynı zamanda iCORE (Mükemmelliyet için Bilgi Araştırma Çemberi) üyesidir.
