Bağışıklık sisteminin gerektiğinden fazla çalışması durumunda ise vücut kendi dokularını yabancı olarak algılar ve bu dokulara saldırarak zarar verir. Bağışıklık sisteminin kendi dokularına saldırmasına otoimmün hastalıklar denir.
Otoimmün hastalıklar vücudun birçok farklı alanını etkileyebilir. Otoimmün hastalıklara neyin sebep olduğu tam olarak bilinmemektedir. Otoimmün hastalıkların tedavisi genellikle, bağışıklık sisteminde olması gerektiğinden fazla çalışan faktörlerin azaltılmasına yönelik yapılmaktadır.
