Мы используем файлы cookie.
Продолжая использовать сайт, вы даете свое согласие на работу с этими файлами.
MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis
Другие языки:

MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis

Подписчиков: 0, рейтинг: 0


Molecular Evolutionary Genetics Analysis
Orijinal yazar(lar) Masatoshi Nei, Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, Glen Stecher, Daniel Peterson, Nicholas Peterson
Geliştirici(ler) Pensilvanya Devlet Üniversitesi
İlk yayınlanma 1993 (1993)
Güncel sürüm 10 /  (2017-08)
Geliştirme durumu Active
İşletim sistemi Windows, OS X, Linux
Platform x86, x86-64
Erişilebilirlik İngilizce
Tür Biyoinformatik
Resmî sitesi megasoftware.net

Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.

Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde). 

Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.

Sürüm geçmişi

Başlıca MEGA versions
Versiyon Yayyınlanma tarihi
1.0 1993
1.1 1994
2.0 2000
2.1 2001
3.0 2004
4.0 2006
4.1 2008
5.0 2011
5.1 Ekim 2012
5.2 Nisan 2013
6.0 Aralık 2013
7.0 Ocak 2016
10.0 (X) 2018

Özellikleri

Sekans hizalama yapılandırması

  • Hizalama editörü
  • Çoklu dizi hizalaması
  • Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
  • Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları

Veri eldesi

  • Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
  • Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı
  • Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
  • Veri keşifçisi
  • Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi

Genetik kod tablo bölümü

  • Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
  • Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
  • Bildiğim bütün kod tablolarını içer

Gerçek zamanlı başlık uzman motoru

  • Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
  • Başlıkları dış bir programa kopyala

Entegre metin dosyası editörü

  • Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
  • Satır numarası
  • Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri

Dizi veri görüntüleyici

  • Veri çıkartma
  • Vurgulama
  • İstatiksel büyüklüklerin sunma

Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi

  • 4x4 oran matriksi
  • Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
  • TGeçiş-transversiyon hız sapması: R

Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi

  • İçerik uzaklığı
  • Eşitsizlik indeksi
  • Monte-carlo testi

Uzaklığı belirleme metodları

  • Nükleotid-Nükleotid
  • Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
  • Protein uzaklığı
  • Uzaklık hesaplamaları
  • Dizi çeşitliliği hesaplamaları
  • Varyans hesaplamaları

Seçilim testleri

  • Çok numune Z-testi
  • Fisher’ın kesin testi
  • Tajima’ın nötrallik testi

Moleküler saat testi

  • Tajima’nın yaklaşık oran testi

Ağaç oluşturma metodları

  • Komşu birleştirme
  • Minimum evrim metodu
  • UPGMA
  • Maksimum bencillik
  • Maksimum benzerlik
  • Çizme atkısı filogeni testi
  • Güven olasılığı testi
  • Uzaklık matriksi görüntüleyicisi

Ağaç keşifçileri

  • Filogeni ekranı
  • Ayrılma zamanının belirlenmesi
  • Ağaç düzenleme
  • Ağaç boyutunu değiştirme
  • Çoklu ağaç görüntüleyebilme

Dış bağlantılar


Новое сообщение