II. Bayezid Külliyesi, Edirne'de tarihi külliye. İkinci başkent konumundaki Edirne'yi darüşşifaya kavuşturmak amacıyla Sultan II. Bayezid tarafından 1484-1488 yıllarında Mimar Hayreddin'e yaptırılmıştır.
Külliye Edirne şehir merkezine 2 km uzaklıkta Tunca Nehri kıyısında yer alır. Geniş bir alanı üzerine inşa edilen külliye; cami, imaret, mutfak, erzak ambarı, medrese, dârüşşifâ, değirmen, köprü ve hamamdan oluşmaktadır. 1653'te Edirne'ye gelen Evliya Çelebi, külliyeyi ziyaret etmiş ve seyahatnamesinde külliyenin darüşşifası hakkında detaylı bilgiler vermiştir. II. Bayezid Külliyesi çeşitli zamanlarda Tunca Nehrinin taşması sonucunda büyük zarar görmüştür. Külliye ayrıca Balkan Savaşları sırasında da Edirne'nin en fazla zarar gören eserleri arasında yer almıştır.
Camii dışındaki yapıları, Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 1984 yılında Trakya Üniversitesi'ne devredilmiştir. Bir süre Trakya Üniversitesi Edirne Meslek Yüksekokulu'nun Restorasyon ve Duvar Süsleme Bölümleri burada eğitim öğretimini sürdürmüştür.
İkinci Bayezid Camii, 20,55 m çapında tek bir kubbesi ve iki minaresi olan anıtsal bir yapıdır. Yanlarında dokuzar kubbeli, kapıları dış yöne açılan tabhane (kitap basımevi) bölümleri bulunur. Hünkâr mahfili mermerden ve oldukça zariftir, mihrap ve minber sade bir üslüpta yapılmıştır.
Külliyenin içindeki Darüşşifa ve Tıp medresesi Sağlık Müzesi olarak hizmet verir.