Alt-üst proteomik
Alt-üst proteomik, kütle spektrometresi ile analizden önce proteinlerin proteolitik sindirim aracılığı ile proteinleri tanımlamak, amino asit dizilerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını karakterize etmek için yaygın kullanılan bir yöntemdir.Proteomikte kullanılan bu yönteme alternatif olarak mevcüt başlıca iş akışına üst-alt proteomik denir; bu yöntemde yekpare haldeki proteinler sindirim ve/veya parçalanmadan önce kütle spektrometresi içinde veya 2D elektroforez ile saflaştırılır. Esasen, alt-üst proteomik, belirli bir hücre, doku vb. numunenin protein yapısını belirlemenin nispeten basit ve güvenilir bir yoludur.
Alt-üst proteomikte, ham protein özütü enzimatik olarak sindirilir ve ardından, kütle spektrometrisine bağlanan sıvı kromatografi ile peptitlerin bir veya daha fazla boyutta ayrılır. Proteolitik peptitlerin kütlelerini veya bunların ardışık kütle spektrumlarını, bir peptit spektral kitaplığındaki bir dizi veri tabanından veya annote edilmiş peptit spektralinden tahmin edilenlerle karşılaştırarak, peptitler tanımlanabilir ve çoklu peptit tanımlamaları bir protein tanımlaması halinde birleştirilebilir.